
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应修饰语蛋白酶组学产品,实现1000+举重若轻度突显位点检测出,保持稳定初现有趣靶点,全地方生信了解解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“会发现”到“查证”全注意事项工作,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、實驗标准流程
02、测量信息
03、经“点”重新
在评测数据资料中,检测二个专著中简讯的经曲靶点各类其衣康酸呈现位点,如首个被发现了的衣康酸共价呈现蛋清KEAP1,还是有糖酵解通道中的3个要点酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,各类炎性小体形成蛋清NLRP3和体细胞烂掉过程中中的要点蛋清RIPK3等,其质谱图下面图如下。
04、服务基本特征
1.很多质控
商业地产化活性聊天电极孵育、SDS-PAGE论文的检测、WB查验、模板涉及到的性研究等双东南方向论文的检测,狠抓工程后果是真的吗性。2.高使用性能质谱仪器设备手机平台
在Orbitrap Astral全新这一代高区分质谱仪六道金刚咒下,实现目标衣康碱化绘制位点及蛋白质司法鉴定新进一步,助推器科学课实验新出现 。3.全具体步骤站台式服务的
依托于拜谱菌物完美的实验英文软件,可供应“上皮细胞致力于→加测器孵育→WB加测→什么难以理解的度衣康碱化突显加测→个性化生信介绍→特定的位点PRM安全验证”全步骤服務,省时省钱更安心省心。05、定量分析內容(地方)
06、用途朝向
PART 2、文献综述讲解
学术论文一
英语翻译名称:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
简体中文宝贝标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
探索的内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
专著二
因为子标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
英文版版头:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
钻研相关内容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、例子衍化思绪
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13都具有较差的底物通过效率,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物制品衣康硝化作用掩盖组实测值数据报告中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用装饰(以下的图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
充当TCA无限循环中的上面排泄物,衣康酸调接排泄、免役和真菌感染病变之前的充分目的,为方法免役真菌感染病变性患病展示 了替换方法管理策略。衣康酸组成部分特征中的亲电性α,β-不饱合羧酸组成部分特征能对蛋白酶酶质上的渗透性半胱氨酸残基开始烷基化遮盖(迈克尔暴伤反馈),这个英译后遮盖被被称作“衣康酸遮盖(itaconation)”,因而干扰蛋白酶酶质功能键,调节免役初次应答和排泄手段,为多种多样患病中药生产制造展示 新难点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸修饰语蛋白酶组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床医学绝定量分析靶点产生组(QMT1000)或养分新陈排泄靶向药物新陈排泄组产品设备对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参考使用论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.