在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探究最终结果

1、从光敏培植细胞核中分离出来DNA交连蛋白酶质

以便生成光交连核脂肪酸-DNA复合型物采用LC-MS讲解，做者开放半个种转性纯化设计方案，可从DNA中出掉非是交连核脂肪酸，仅在照晒时确认真接染料体组相处生物富集DNA交连核脂肪酸。用TRIZOL生成染料质并出掉被抓获的非交连核胆固醇，以后将其重复析出以去RNase吸收。确认mri截段所得税核脂肪酸交连DNA的生成物，在硫氰酸胍中烧开转性，并在二脱色硅离心式柱上急促清洗以出掉非是交连核脂肪酸难寻成功。确认核酸酶处置从DNA中挥发释放光交连核胆固醇，并去胰核胆固醇酶吸收采用LC-MS讲解。该技巧命名规则为核脂肪酸交连DNA生成或XDNAX。

图1.淀粉酶质热塑DNA生成或XDNAX步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接的接处DNA的球蛋白图谱

将光交连方式 应用于MCF7生殖神经细胞，得知了1,805种侯选淀粉酶，之中1,191种出现于3个或较多次从复中。60%的DNA彼此之间效果组帶有核酸运用的GO批注，在较弱核酸运用批注的淀粉酶质中，上限的贡献者原于核纤层淀粉酶，二是体验上色质团队和生殖神经细胞分化的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可会相处 DNA 的脂肪酸质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总的了DNA互不角色组所隐藏的膳食纤维质-DNA游戏界面下列不属于比如的核苷酸热塑肽。这比如在（1）球状DNA紧密整合实际架构域、（2）DNA 紧密整合实际混乱区（IDR）和（3）在与另一个膳食纤维质（假如组膳食纤维紧密整合实际膳食纤维）、RNA（假如剪接指数公式）或相提取区室（假如核仁膳食纤维）互不角色而引起的区域环境比较接近于。

图3 . 可间接接处 DNA的的结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量体细胞扰动的时候与DNA综合的转录成分

雌抗生素蛋白酶质含量激酶α（ESR1）驻滞留胞质溶胶中，等你遇上其配体，启用易位到组织膜系核，在去那里它与DNA组中的相关部分通过以激活卡相关的转录系统软件。将血清饥饿的MCF7组织膜系展现于高使用量雌抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4两20分钟，与模仿整理的较组织膜系非常我们的DNA之间反应组（图4A）。中间，雌抗生素的刺激后DNA之间反应组中的ESR1多了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个按量的蛋白酶质含量质-DNA之间反应中，约有9%表现出已超2倍的可观变换，并探究到与ESR1还具有之间反应的蛋白酶质含量如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素治疗乳腺癌癌症核 DNA 完美使用组的定量分析较好（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

分析流入人类基因组组的血清酶质以熟知 它是如果被读入并付诸实践性的，一直都在是科研工作人工其中一个常期的认为。人类基因组组可及性一般以DNA为中心点的立场实施分析，虽然，到如今截止，染色的质凝露中的的血清酶质与DNA 遭受电磁学上下级能力尚不了解。便用零间距光化学交联，可察觉到DNA上下级能力组中的基本上数血清酶质，XDNAX技木将做为血清酶质-DNA上下级能力分析的巨大软件。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的核蛋白质含量组学、掩盖组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参照文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.