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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化淡化是一种种至关重要的讲述后淡化,SUMO碳原子顺利通过在E1滋养酶、E2相联系酶和E3接酶的进行下共价相联系算是物核淀粉酶酶酶赖氨酸残基上,在控住树木产生、莒养手机信号减弱和胁迫用中起着至关重要用。SUMO化核淀粉酶酶酶和SUMO淡化的整个过程中相关的酶的短缺都要导至树木产生异常的恐怕致死,这发现SUMO化淡化在调整树木产生发育期的整个过程中起着中心用。是由于如今在树木中被检验出的SUMO化核淀粉酶酶酶比例较少,还有SUMO 化在树木中的丰度较低且日常交叉性较高,往往检验SUMO化核淀粉酶酶酶和 SUMO化位点是很更具挑战自我性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教受(拜谱海洋生物合作共赢科学有效家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以形成新一种二步赖氨酸损坏SUMO生物富集的方法,搭配了新的的绿植的SUMO化血清质组资料库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

用英语便秘尴尬检查经历:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

常常主题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

刊发杂志期刊:Nature Plants

危害成分:15.8

的研究设想

图1的研究思维图

分析毕竟

01、拟南芥K0-SUMO1营养物质质多组分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小编进第一步采用SEO的二步亲和生物富集措施进行质谱概述,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化表达蛋清质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化遮盖蛋白质和位点的验证通过

方便确认隐藏的的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并做了身体之外实验性。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以核验SUMO化修饰语位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的身体之外认可(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热开启淀粉酶质组的酶联免疫法相对

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT蛋白酶质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 因为TMT的按量胆固醇质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱个人总结

本研究从营养素质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以建立起的一种高灵敏度度更好的SUMO化球蛋白纯化和质谱检查测量工艺。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热触及蛋白质化学发光法相比表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化掩盖血清质组充当华科的物品设备在生产的时候,由于生产材质性能的优异,使得设备在有关的物品性能上有着显著的提高,并且在自己的特色掩盖物品,采取极有效率的聚集枝术、顶尖的Astral实验室设备可完成SUMO化血清和位点的高安全性能量验出。此外,王鹏程厂家做为拜谱厂家团一员,在车辆研发部门期间中为华科的产品设备在生产的时候,由于生产材质性能的优异,使得设备在有关的产品性能上有着显著的提高,并且在打造非常专业最好是和制定方案,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参照文章:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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